Gute schulische Leistungen sowie eine positive Beurteilung der Grundschule sind die Grundvoraussetzungen für eine Aufnahme am Eduard-Nebelthau-Gymnasium. Nach einer Vorauswahl entscheidet der Schulleiter gemeinsam mit den Kollegen auf der Grundlage eines Aufnahmegesprächs über die Aufnahme des Schülers.
Schüler aus Bremen und Niedersachsen werden am Eduard-Nebelthau-Gymnasium gleichberechtigt berücksichtigt. Dabei ist die Schule insgesamt offen für Schüler und Schülerinnen unterschiedlicher Glaubensrichtungen.